Dopo il 1673 Luigi XIV di Francia, che aveva imposto la pace tra Genova e Carlo Emanuele di Savoia, cercò di assoggettare la piccola repubblica. In realtà utilizzò i più vari pretesti; impose di salutare le navi francesi che entravano nei porti liguri con salve d'artiglieria e quando ciò non accadde cannoneggiò Sampierdarena  e Sanremo, requisendo arbitrariamente anche diversi bastimenti.
Essendosi Sinibaldo Fieschi rifugiato a Parigi il Re pretese che al nobile fossero restituiti i beni requisiti a suo tempo dalla Repubblica, ma il senato di quest'ultima si rifiutò di accettare quella condizione.  Aspettando da un momento all'altro l'inizio delle ostilità Genova si alleò con la Spagna a scopo difensivo. Non appena informato di ciò Luigi XIV pretese che la Repubblica rompesse ogni accordo e si mettesse sotto la sua protezione.
La proposta del Re di Francia non venne accettata e allora Genova fu sottoposta ad un continuo bombardamento, durato numerosi giorni, finché la flotta Francese non ebbe esaurite le munizioni. L'aiuto dalla Spagna non arrivò mai, così la Repubblica dovette capitolare ed accettare le condizioni imposte dai Francesi; correva l'anno 1685.
Genova divenne così ancora soggetta al dominio straniero, per riacquistare solo tempo dopo una certa autonomia.
La piccola repubblica era soggetta alle brame di potere di diversi regnanti, ed era spesso stato così.
Era l'anno 1743 quando Maria Teresa D'Austria concluse a Worms un trattato con il Re d'Inghilterra e quello di Sardegna  e a quest'ultimo, come compenso, cedette il Marchesato di Finale, che Genova aveva regolarmente acquistato nel 1713 da Carlo VI. Vane furono le proteste, e Genova quindi si alleò nel 1745 a Francia e Spagna contro gli Austriaci. In breve però il conflitto tra i diversi alleati vide soccombere i franco spagnoli così, nel 1746, Genova fu assediata dall'esercito austriaco che entrò in città. Anche la Liguria ebbe a risentire dell'occupazione. Le eccessive richieste di denaro, oltre quattro milioni di genovini totali una cifra enorme per l'epoca,  formulate dagli Austriaci, comandati dal Generale Botta Adorno figlio di un nobile genovese condannato a morte in contumacia dalla Repubblica, portarono ad una rivolta popolare, originata pare da Giovanbattista Perasso, meglio conosciuto come Balilla. La guerra tuttavia continuò, ma finalmente, con l'intervento di truppe Francesi e Spagnole, volse a favore di Genova ed ebbe termine nel 1748 quando gli austriaci vennero battuti definitivamente in quel di Voltri. La Riviera di Levante vide l'invasione delle truppe austriache nei primi mesi dell'anno 1746. Gli ordini erano chiari la popolazione avrebbe dovuto provvedere ad alloggiarli e a sfamarli e a sfamare anche i loro cavalli. In realtà i soldati provvidero  da soli a prendersi ciò che gli serviva, cominciando ad  estorcere con la forza o, nei casi migliori, pagando a prezzo inferiore ciò di cui avevano bisogno. Poi sul finire dell'anno arrivò la notizia dei tumulti a Genova e la rivolta contagiò tutti. Gli Austriaci si ritirarono oltre l'Appennino. Presto però l'assedio ricominciò anche dal mare, dove le navi Inglesi bloccarono il porto di Genova. Ancora una volta il nemico era troppo forte così i genovesi si ritirarono a Recco e i Francesi a S. Margherita, da dove cercarono, con azioni diversive, di attaccare gli assedianti alle spalle. Presto però gli Austriaci si convinsero che Genova non sarebbe mai caduta e cominciarono a ritirarsi, anche gli Inglesi allentarono il blocco cosicché in pieno 1747 i primi bastimenti riuscirono ad entrare nel porto di  Genova carichi di ogni ben di Dio.  La guerra  per Genova era finita.

Alla fine di quel conflitto però quella che era stata la Superba al tempo delle Repubbliche Marinare e la sua repubblica, dopo anni di conquiste e potenza sul mare, si era fortemente ridimensionata. Il suo esercito poteva contare su 2418 effettivi. Verso la fine del 1700 si stavano intanto profilando nuove alleanze in Europa. Molto intelligentemente la Repubblica decise di rimanere neutrale ma nel 1796, presa tra gli Inglesi che avevano mandato una flotta nel Mediterraneo per indurre Genova ad allearsi a loro e all'Austria per contrastare un invasione Francese del ponente, e i Francesi che aveva alle porte, finì per allearsi a questi ultimi. Dopo l'alleanza visse ancora momenti tragici di guerra intorno al 1800 e, dopo una gloriosa resistenza a fianco dei Francesi guidati dal generale Massena, dovette cedere all'invasore austriaco. Dopo solo venti giorni però un nuovo esercito francese liberò Genova.
Nell'anno 1805 Napoleone s'incorona Re d'Italia a Milano. Sull'onda dell'entusiasmo e ancor prima di quell'evento il Senato votò il decreto di unione della repubblica all'Impero Francese. Fu indetto un plebiscito e nelle città e nei borghi venne affisso il seguente avviso che invitava: Tutti i cittadini maggiori d'anni 20. che pagano un imposizione diretta qualunque, ad emettere il loro voto affermativo o negativo mediante la loro sottoscrizione, coerentemente alla deliberazione del Senato del giorno 25 cadente (25 maggio), entro il termine di due giorni dalla pubblicazione del presente avviso, passato il quale termine tutti quelli che hanno diritto di votare e non avranno votato, s'intenderà che abbiano votato affermativamente. Comunque, nonostante la Liguria in quei giorni decretasse la fine della sua gloriosa repubblica, quello fu un piccolo focolaio di democrazia, seppur non estesa proprio a tutti e con qualche inghippo.

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