Le grotte
Gli anfratti e le grotte sono numerosi e di dimensioni diverse all'interno dell'Area Marina Protetta di Portofino. Nelle grotte dove penetra la luce o nella loro parte iniziale, se illuminata dai raggi solari, si sviluppano alghe sciafile e vivono organismi animali tra i più vari. Tra le diverse specie che si osservano nelle grotte e negli anfratti vi sono molluschi, policheti, briozoi, numerosi cnidari, molti poriferi, e tra questi Petrosia ficiformis, che in ambiente oscuro appare, se illuminata dalla luce artificiale, biancastra. In questi luoghi infatti questa spugna non presenta le colorazioni tipiche dovute ad alghe simbionti.Molti crostacei cercano rifugio nelle grotte e sono spesso così adattati a questi ambienti da uscirne praticamente solo la notte. Tra questi è caratteristico un gamberetto rosato-rossastro, noto con il nome scientifico di Plesionika narval. Molti pesci trovano protezione nelle grotte, dal piccolo re di triglie (Apogon imberbis), alla cernia bruna (Epinephelus marginatus) che comunque predilige soprattutto anfratti di piccole dimensioni, che utilizza come tana.
La volta di molte grotte, soprattutto quelle formatesi per accumulo di grossi massi alla base di scogliere sommerse, consente il passaggio dei gas. Questo è molto importante per evitare pericolosi accumuli dell'aria espulsa dai subacquei durante l'esplorazione delle grotte stesse. Altre grotte, purtroppo, hanno la volta impermeabile e gli organismi che vi si sviluppano possono risentire in modo grave dell'accumulo di aria. In quest'ultimo caso l'attività subacquea può creare importanti danni ambientali.